NGS, Hometask 3 (BWA)

1. Статистика ридов 454

Покрытие генома

график покрытия

$img\coverage_plot.svg$

процент покрытия генома 99.99707648325263 %
среднее покрытие 33

Распределение длин инделов

$img\indels_distribution.svg$

Распределение зависимости количества инделов от длины гомополимерного участка

$img\indels_distribution_homopolymer.svg$

Зависимость качества нуклеотидов

при ошибке вставки

$img\qualities_insertion.svg$

при замене

$img\qualities_mismatch.svg$

Таблица частот замен, вставок, удалений

Read\Reference	A	C	G	T	_
_	22118	22920	23640	21049	_
A	_	1530533	1488173	1554721	160542
C	1517838	_	1572184	1501489	67585
G	1550300	1503877	_	1524469	68106
T	1509954	1555526	1519835	_	161032

2. bowtie2

Распределение зависимости количества инделов от длины гомополимерного участка

$img\bowtie_indels_distribution_homopolymer.svg$

Зависимость качества нуклеотидов

при ошибке вставки

$img\bowtie_qualities_insertion.svg$

при замене

$img\bowtie_qualities_mismatch.svg$